Các bước kê khai thuế GTGT khi sử dụng hóa đơn điện tử

Thuế giá trị gia tăng (GTGT) là một loại thuế gián thu, áp dụng trên giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ trong quá trình sản xuất, kinh doanh. Việc kê khai thuế GTGT là yêu cầu bắt buộc đối với các doanh nghiệp, tổ chức và một số hộ kinh doanh tại Việt Nam, đặc biệt trong bối cảnh sử dụng hóa đơn điện tử (HĐĐT) được triển khai rộng rãi theo các quy định như Nghị định 123/2020/NĐ-CP, Nghị định 70/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ 1/6/2025), và Thông tư 32/2025/TT-BTC. Kê khai thuế GTGT với hóa đơn điện tử không chỉ giúp tuân thủ pháp luật mà còn tăng cường tính minh bạch, giảm sai sót và tiết kiệm thời gian. Bài viết này sẽ hướng dẫn chi tiết các bước kê khai thuế GTGT, tập trung vào việc sử dụng hóa đơn điện tử, cùng với các lưu ý và công cụ hỗ trợ.

1. Tầm quan trọng của kê khai thuế GTGT

Kê khai thuế GTGT là quá trình báo cáo với cơ quan thuế về số thuế GTGT đầu ra (từ bán hàng hóa/dịch vụ) và đầu vào (từ mua hàng hóa/dịch vụ), từ đó xác định số thuế phải nộp hoặc được khấu trừ. Việc kê khai đúng quy định mang lại các lợi ích sau:

• Tuân thủ pháp luật: Đáp ứng yêu cầu của Luật Quản lý thuế và các nghị định liên quan, tránh bị phạt do nộp chậm hoặc sai sót.
• Khấu trừ thuế: Hóa đơn điện tử hợp lệ là cơ sở để khấu trừ thuế GTGT đầu vào, giảm số thuế phải nộp.
• Tăng tính minh bạch: Dữ liệu hóa đơn điện tử được truyền trực tiếp đến Tổng cục Thuế, giúp cơ quan thuế giám sát hiệu quả.
• Tiết kiệm thời gian và chi phí: Sử dụng hóa đơn điện tử và kê khai điện tử giúp giảm thiểu thủ tục hành chính so với hóa đơn giấy.

>> Tham khảo: Bỏ quy định hủy hóa đơn có sai sót theo Nghị Định 70/2025/NĐ-CP.

2. Các bước kê khai thuế GTGT với hóa đơn điện tử

Dưới đây là các bước chi tiết để kê khai thuế GTGT, phù hợp với doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ và một số hộ kinh doanh áp dụng phương pháp trực tiếp:

Bước 1: Thu thập và kiểm tra hóa đơn điện tử

• Thu thập hóa đơn điện tử:

• • Thu thập hóa đơn điện tử đầu vào (từ nhà cung cấp) và đầu ra (do doanh nghiệp phát hành) dưới dạng file XML hoặc PDF có chữ ký số.
  • Đối với hộ kinh doanh sử dụng hóa đơn điện tử từ máy tính tiền (theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP), đảm bảo dữ liệu đã được truyền đến Tổng cục Thuế.

• Kiểm tra tính hợp lệ:

• • Xác minh các thông tin trên hóa đơn điện tử: tên, mã số thuế, địa chỉ của người bán và người mua; số hóa đơn, ngày lập, nội dung giao dịch, thuế suất GTGT, và mã xác thực (nếu là hóa đơn có mã).
  • Tra cứu hóa đơn trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (etax.gov.vn) bằng cách nhập mã số thuế, số hóa đơn, và mã xác thực (nếu có).
  • Kiểm tra chữ ký số trên hóa đơn điện tử để đảm bảo tính hợp lệ, sử dụng phần mềm của nhà cung cấp như Thaison-CA hoặc Viettel-CA.

Lưu ý: Nếu phát hiện sai sót, yêu cầu người bán lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, kèm biên bản thỏa thuận nếu cần.

Bước 2: Phân loại và nhập dữ liệu hóa đơn

• Phân loại hóa đơn điện tử:

• • Hóa đơn đầu vào: Dùng để khấu trừ thuế GTGT, cần đảm bảo hóa đơn hợp lệ, hợp pháp và phù hợp với giao dịch thực tế.
  • Hóa đơn đầu ra: Dùng để tính thuế GTGT phải nộp, bao gồm các hóa đơn doanh nghiệp phát hành khi bán hàng hóa/dịch vụ.
  • Hóa đơn đặc thù: Bao gồm hóa đơn GTGT điện tử từ nhà cung cấp nước ngoài hoặc hóa đơn điều chỉnh/thay thế.

• Nhập dữ liệu vào phần mềm kế toán:

• • Sử dụng phần mềm kế toán hoặc phần mềm hóa đơn điện tử tích hợp (Thái Sơn Einvoice) để nhập dữ liệu từ file XML.
  • Phân loại hóa đơn theo kỳ kê khai (hàng tháng hoặc hàng quý, tùy theo quy mô doanh nghiệp).

Bước 3: Lập bảng kê hóa đơn đầu vào và đầu ra

• Bảng kê hóa đơn đầu vào (mẫu 01-2/GTGT):

• • Ghi lại chi tiết các hóa đơn điện tử đầu vào, bao gồm số hóa đơn, ngày lập, mã số thuế người bán, giá trị trước thuế, và số thuế GTGT được khấu trừ.
  • Đảm bảo chỉ sử dụng hóa đơn điện tử hợp lệ để kê khai khấu trừ.

• Bảng kê hóa đơn đầu ra (mẫu 01-1/GTGT):

• • Ghi lại các hóa đơn điện tử đầu ra, bao gồm số hóa đơn, ngày lập, mã số thuế người mua, giá trị trước thuế, và số thuế GTGT phải nộp.
  • Đối với hóa đơn điện tử từ máy tính tiền, dữ liệu thường được phần mềm tự động tổng hợp.

Lưu ý: Đối với các hóa đơn điều chỉnh/thay thế, cập nhật số liệu dựa trên biên bản thỏa thuận và hóa đơn mới.

>> Tham khảo: Báo giá hóa đơn điện tử.

Bước 4: Lập và nộp tờ khai thuế GTGT

• Truy cập hệ thống kê khai thuế:

  • Đăng nhập vào Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (etax.gov.vn) bằng chữ ký số của doanh nghiệp.

• Lập tờ khai thuế GTGT:

• • Sử dụng mẫu 01/GTGT (phương pháp khấu trừ) hoặc mẫu 03/GTGT, 04/GTGT (phương pháp trực tiếp, áp dụng cho một số hộ kinh doanh).
  • Nhập dữ liệu từ bảng kê 01-1/GTGT và 01-2/GTGT vào tờ khai, bao gồm:
    • Thuế GTGT đầu ra: Tổng số thuế từ HĐĐT đầu ra.
    • Thuế GTGT đầu vào: Tổng số thuế được khấu trừ từ HĐĐT đầu vào.
    • Số thuế phải nộp: Thuế GTGT đầu ra trừ đầu vào (nếu dương) hoặc số thuế được hoàn/khấu trừ kỳ sau (nếu âm).

• Kiểm tra số liệu:

  • Đối chiếu số liệu trên tờ khai với dữ liệu HĐĐT để đảm bảo không có sai lệch.

Bước 5: Nộp tờ khai và nộp thuế

• Nộp tờ khai thuế:

• • Gửi tờ khai qua Cổng thông tin điện tử trước thời hạn:
    • Ngày 20 của tháng tiếp theo (kê khai hàng tháng).
    • Ngày 30 của tháng đầu tiên của quý tiếp theo (kê khai hàng quý).
  • Ký số tờ khai bằng chữ ký số của doanh nghiệp.
• Nộp thuế GTGT:

  • Nếu có số thuế phải nộp, thực hiện nộp qua ngân hàng hoặc cổng thanh toán của Cục Thuế trước thời hạn để tránh phạt chậm nộp (0,03% mỗi ngày theo Luật Quản lý thuế).

>> Tham khảo: Triển khai thêm 4 hình thức nộp thuế điện tử cho hoạt động xuất nhập khẩu.

Bước 6: Lưu trữ hồ sơ

• Lưu trữ HĐĐT:

  • Lưu trữ file HĐĐT (XML và PDF) trong thời gian tối thiểu 10 năm, sử dụng hệ thống của phần mềm kế toán hoặc dịch vụ đám mây.

• Lưu trữ tờ khai và bảng kê:

  • Lưu bản điện tử của tờ khai thuế GTGT, bảng kê 01-1/GTGT và 01-2/GTGT để phục vụ kiểm tra của cơ quan thuế.

3. Lưu ý khi kê khai thuế GTGT

• Đảm bảo tính hợp lệ của hóa đơn điện tử:

  • Chỉ sử dụng hóa đơn điện tử hợp lệ (có chữ ký số, mã xác thực nếu cần) để kê khai khấu trừ thuế GTGT.

• Xử lý sai sót kịp thời:

  • Nếu phát hiện sai sót, yêu cầu người bán lập hóa đơn điều chỉnh/thay thế theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, kèm biên bản thỏa thuận nếu cần.

• Tuân thủ thời hạn:

  • Nộp tờ khai và thuế đúng hạn để tránh bị phạt (phạt chậm nộp lên đến 20% số thuế chậm nộp).

• Sử dụng công cụ hỗ trợ:

  • Các phần mềm như Thái Sơn Einvoice giúp tự động hóa nhập liệu và lập tờ khai, giảm thiểu sai sót.

• Theo dõi quy định mới:

  • Các văn bản như Công văn 1591/CT-CS (5/6/2025) hoặc Thông tư 32/2025/TT-BTC có thể cập nhật quy trình kê khai. Theo dõi thông tin từ Cổng thông tin của Cục Thuế.

>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.

Kết luận

Ngoài ra, nếu quý doanh nghiệp đang tìm kiếm giải pháp phần mềm hóa đơn điện tử đáp ứng đầy đủ quy định, xin vui lòng liên hệ E-invoice để nhận được tư vấn:

CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN

• Địa chỉ: Số 15 Đặng Thùy Trâm – Cầu Giấy – Hà Nội
• Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
• Tel : 024.37545222
• Fax: 024.37545223
• Website: https://einvoice.vn/