Lập hóa đơn thay thế trong trường hợp nào?

Từ ngày 01/7/2026, việc xử lý hóa đơn điện tử đã lập có sai sót được thực hiện theo khung pháp lý mới tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC. Một trong những thay đổi quan trọng nhất là không còn khái niệm hủy hóa đơn điện tử như trước đây. Thay vào đó, doanh nghiệp phải xử lý bằng hai hình thức chính: lập hóa đơn điều chỉnh hoặc lập hóa đơn thay thế. Bài viết này tập trung phân tích chi tiết về hóa đơn thay thế – khái niệm, trường hợp áp dụng, quy trình thực hiện và những lưu ý quan trọng giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định.

1. Hóa đơn thay thế là gì?

Hóa đơn thay thế là hóa đơn điện tử mới được lập để thay thế hoàn toàn cho hóa đơn điện tử đã lập sai. Trên hóa đơn thay thế bắt buộc phải có dòng chữ:

“Thay thế cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm…”

Khác với hóa đơn điều chỉnh (chỉ ghi phần chênh lệch tăng hoặc giảm), hóa đơn thay thế phản ánh lại toàn bộ nội dung giao dịch đúng theo thực tế. Hóa đơn gốc bị thay thế sẽ không còn giá trị sử dụng về mặt pháp lý, đồng thời dữ liệu được cập nhật trên hệ thống của cơ quan thuế.

2. Trường hợp nào được/phải lập hóa đơn thay thế?

Theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, khi phát hiện hóa đơn điện tử đã lập sai (bao gồm hóa đơn có mã và hóa đơn không có mã đã gửi dữ liệu đến cơ quan thuế), người bán xử lý như sau:

Trường hợp 1: Sai sót không trọng yếu

Sai về tên, địa chỉ, số tiền bằng chữ hoặc các nội dung khác nhưng không sai mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa → Chỉ cần thông báo cho người mua và gửi Mẫu số 04/SS-HĐĐT đến cơ quan thuế. Không phải lập hóa đơn mới.

Trường hợp 2: Sai sót trọng yếu – được lựa chọn điều chỉnh hoặc thay thế

Sai về:

• Mã số thuế người mua;
• Số tiền ghi trên hóa đơn;
• Thuế suất, tiền thuế;
• Tên hàng hóa, quy cách, chất lượng hàng hóa;
• Các nội dung bắt buộc khác.

Người bán được quyền lựa chọn lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế.

Trường hợp 3: Bắt buộc phải lập hóa đơn thay thế

• Hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền bị sai;
• Hóa đơn bán hàng hóa là tài sản thuộc diện phải đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng bị sai;
• Một số trường hợp đặc thù khác theo hướng dẫn của cơ quan thuế.

Ngoài ra, khi hóa đơn đã phát hành thừa hoặc giao dịch thực tế không phát sinh nhưng đã lập hóa đơn, doanh nghiệp cũng thường lựa chọn hình thức thay thế về giá trị 0 để hủy hiệu lực của hóa đơn gốc.

3. Quy trình lập hóa đơn thay thế

Quy trình chuẩn được thực hiện theo các bước sau:

Bước 1: Thông báo và thỏa thuận với người mua

• Nếu người mua là doanh nghiệp, tổ chức, hộ kinh doanh hoặc cá nhân kinh doanh: Hai bên lập văn bản thỏa thuận ghi rõ nội dung sai sót.
• Nếu người mua là cá nhân: Người bán thông báo cho người mua hoặc công bố trên website của mình (nếu có).

Lưu ý: Một số trường hợp được miễn lập văn bản thỏa thuận (ví dụ: bán hàng trên nền tảng thương mại điện tử, chuyển dữ liệu theo bảng tổng hợp…).

Bước 2: Thông báo với cơ quan thuế

Người bán gửi Mẫu số 04/SS-HĐĐT (Thông báo hóa đơn điện tử đã lập sai) đến cơ quan thuế theo quy định.

Bước 3: Lập hóa đơn thay thế

• Lập hóa đơn điện tử mới với đầy đủ nội dung đúng.
• Ghi rõ dòng chữ “Thay thế cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm…”.
• Ký số và gửi cho người mua (đối với hóa đơn không có mã) hoặc gửi cơ quan thuế để cấp mã (đối với hóa đơn có mã).

Bước 4: Lưu trữ hồ sơ

Lưu giữ văn bản thỏa thuận, thông báo sai sót, hóa đơn gốc và hóa đơn thay thế để xuất trình khi cơ quan thuế yêu cầu.

4. Phân biệt hóa đơn thay thế và hóa đơn điều chỉnh

5. Kê khai thuế đối với hóa đơn thay thế

Theo quy định mới tại Thông tư 91/2026/TT-BTC, việc kê khai hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế không còn bắt buộc phải thực hiện vào kỳ của hóa đơn gốc như trước đây. Doanh nghiệp kê khai theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng và quản lý thuế hiện hành. Việc xác định đúng kỳ kê khai giúp tránh rủi ro bị xử phạt về kê khai sai thời điểm.

6. Những lưu ý quan trọng khi lập hóa đơn thay thế

• Không được tự ý hủy hóa đơn điện tử đã phát hành.
• Phải đảm bảo hóa đơn thay thế phản ánh đúng bản chất giao dịch thực tế.
• Đối với hóa đơn từ máy tính tiền hoặc hóa đơn tài sản đăng ký quyền sở hữu, chỉ được sử dụng hình thức thay thế.
• Khi lập một hóa đơn thay thế cho nhiều hóa đơn sai cùng nội dung trong cùng tháng, cần đính kèm bảng kê theo mẫu quy định.
• Lưu trữ đầy đủ hồ sơ để phục vụ thanh tra, kiểm tra.
• Sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử hỗ trợ tốt chức năng lập hóa đơn thay thế để giảm thiểu sai sót thao tác.

7. Rủi ro nếu xử lý sai

Việc không lập hóa đơn thay thế đúng quy định hoặc tự ý hủy hóa đơn có thể dẫn đến:

• Bị xử phạt hành chính về hóa đơn;
• Không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào;
• Rủi ro bị truy thu thuế và phạt chậm nộp;
• Ảnh hưởng đến uy tín và quan hệ với đối tác.

Kết luận

Hóa đơn thay thế là công cụ quan trọng để xử lý các sai sót trọng yếu trên hóa đơn điện tử theo quy định mới từ 01/7/2026. Việc nắm vững khi nào được lựa chọn, khi nào bắt buộc phải thay thế, cùng quy trình thực hiện đúng sẽ giúp doanh nghiệp vừa tuân thủ pháp luật, vừa bảo vệ quyền lợi của mình và đối tác.

Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình nội bộ rõ ràng, đào tạo nhân sự kế toán và sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử hiện đại để việc lập hóa đơn thay thế được thực hiện nhanh chóng, chính xác và minh bạch. Trong trường hợp phát sinh tình huống phức tạp, nên tham khảo ý kiến của cơ quan thuế hoặc đơn vị tư vấn chuyên nghiệp để tránh rủi ro không đáng có.

Ngoài ra, nếu quý doanh nghiệp đang tìm kiếm giải pháp phần mềm hóa đơn điện tử đáp ứng đầy đủ quy định, xin vui lòng liên hệ E-invoice để nhận được tư vấn:

CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN

• Địa chỉ: Số 15, phố Đặng Thùy Trâm, phường Nghĩa Đô, Thành phố Hà Nội
• Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
• Tel : 024.37545222
• Fax: 024.37545223
• Website: https://einvoice.vn/